Tildado de satanista y fascista, por actitudes como ponerle de título a su disco Antichrist Superstar, Marilyn Manson siempre ha intentado evitar en la medida de lo posible pronunciarse sobre este tema, pero cuando lo ha hecho, siempre ha conseguido evidenciar la ignorancia y la falta de conocimientos que algunos periodistas han demostrado hacia el fenómeno Marilyn Manson.
"Marilyn Manson está empeñado en degradar a las mujeres, la religión y la decencia, mientras promueve la adoración a Satán, el abuso de menores y el uso de drogas. Estas personas son basura. Es una prueba extrema de que los valores morales de la sociedad continúan desmoronándose”, manifestó el gobernador de Oklahoma, Frank Keating, en una de las tantas protestas que se escuchaban los días precedentes a las actuaciones de la banda en ciudades de Estados Unidos. Sin embargo, quienes más se dedicaron a manifestar su oposición fueron los miembros de la Asociación de la Familia Americana, quienes se encargaron de difundir falsos listados de barbaridades cometidas por el grupo (por ejemplo, violar mujeres en el escenario o animar al público a sacrificar animales mientras ellos lo hacían). Al día de hoy, la banda ha pasado por varios juicios legales cuyo fin era censurarlos; contrariamente, lo que consiguieron fue darles aún más publicidad. Asimismo, Marilyn Manson fue acusado de inspirar a jóvenes suicidas.
Smells Like Children, el álbum anterior, comienza con una de las grabaciones más horribles que M.M confiesa haber hecho. Esta fue realizada durante la gira que Marilyn Manson hizo como telonero de Danzig. El desarrollo de los acontecimientos haría que M.M dejara de llamarla ‘la gira de Danzig’ para pasar a llamarla ‘la gira de Tony Wiggins’ (conductor del ómnibus que transportaba a Danzig). “Una aspiradora para el pecado”, según la definición de M.M, Tony Wiggins les proporcionaba drogas constantemente, además de ser el dueño de la extrema idea de invitar a los fans a confesar sus pecados más íntimos en el backstage. Así fue como realizaron dicha grabación. En ella, una chica que Wiggins llevó al backstage, suplicaba ser humillada y abusada. Wiggins comenzó, como una broma, a cortar su vello púbico, a pegarle suavemente y, siniestramente, a enroscar una cadena a su cuello. Pero ella continuó pidiendo más abuso, hasta que finalmente gritó que su vida no valía la pena y suplicó que la mataran. En la grabación se escuchaba la voz de Wiggins, “¿estás bien?”, mientras que la chica soltaba gritos que no se distinguía si eran de dolor o placer. “Sabes que no te voy a matar”, decía Wiggins para calmarla. Esta grabación inspiró el primer tema de Smells Like Children, un álbum sobre el abuso: de drogas, sexual, doméstico y psicológico. En dicha gira, Marilyn Manson descubriría que, comparada con la vida de algunos de sus fans, la suya había sido fácil.
Satisfecho con su promoción de Smells Like Children, La banda se dirigió a Nueva Orleans a grabar Antichrist Superstar. En este momento Manson llegó a un punto en el que sentía que, tras cuatro meses de drogas, cansancio, paranoia y depresión sin que su trabajo diera frutos, la vida se había desvanecido y había perdido la capacidad de sentir.Tres meses después, “comencé a emerger de ese capullo sintiendo que mi humanidad volvía en una forma diferente. Mis debilidades se convirtieron en mi fortaleza, mi apatía por el mundo se convirtió en el deseo por salvarlo. Ahora más que nunca creía en mí mismo”.
Así surgirá Antichrist Superstar, un álbum conceptual que ocupó el tercer puesto en la lista Billboard estadounidense durante todo el mes de Octubre del 1996 y cuyos elementos (diseño gráfico, fotografía, dirección artística y música) fueron meticulosamente instrumentados. “Es parte de la naturaleza humana ser atraídos hacia su propia muerte y hacia el miedo. Por eso es que este disco tiene tres ciclos de muerte y por eso la gente va a verse atraída por él, ya sea indignados o con los brazos abiertos. Lo considero un álbum sobre la individualidad, la fuerza personal, exponerte a muchas tentaciones y tormentos, ver tu propia muerte y crecer a partir de ella. Tiene elementos positivos e, incluso, cristianos. Pero es el ver todo lo demás, lo que le hace a uno llegar a este punto. Es nuestro principio y nuestro fin. El álbum es una interpretación diferente de la clásica historia de la Biblia sobre el Ángel Caído”.
En 1997 fue nombrado Honorable Reverendo de la Iglesia por su amigo y fundador de la doctrina Anton LaVey. A raiz de esto y desde entonces Marilyn Manson ha sido dentificado con la figura de Lucifer.